América

Guillermo Ochoa có trận đấu đầu tiên cho Club América vào năm 2004 tại giải Clausura 2004 với Monterrey khi chỉ mới 18 tuổi. Anh nhanh chóng thể hiện được tài năng của mình và có được vị trí chính thức từ thời huấn luyện viên Mario Carrillo. Dưới sự dẫn dắt của Carrillo, Ochoa và các đồng đội giành danh hiệu vô địch Clausura mùa bóng 2005. Ochoa thể hiện phong độ xuất sắc trong mùa giải 2008, giúp América vô địch giải đấu InterLiga, với một pha cản phá phạt đền thành công trong trận vòng bảng thắng Monarcas Morelia 1-0.

Phong độ của Ochoa trong màu áo América đã thu hút sự chú ý của các câu lạc bộ Anh là Manchester United[2] và Fulham.[3] Guillermo Ochoa rời América sau mùa bóng 2010–11 sau 211 trận đấu cho câu lạc bộ này.[4]

Ajaccio

Mùa bóng 2011-12

Ngày 4 tháng 7 năm 2011 Ochoa đã ký hợp đồng có thời hạn ba năm với đội bóng Pháp vừa thăng hạng Ligue 1 là AC Ajaccio.

Anh có trận đấu đầu tiên cho Ajaccio vào ngày 5 tháng 8 năm 2011 với Toulouse và đội bóng của anh đã thua 0–2.[5] Tuy nhiên trong trận đấu sau đó với Lyon, anh đã thi đấu xuất sắc giúp Ajaccio cầm hòa Lyon 1-1.[6] Ngày 18 và 21 tháng 12, anh có hai trận giữ sạch lưới liên tiếp.

Ngày 21 tháng 1 năm 2014, anh đã giúp Ajaccio đánh bại Valenciennes 2–1 để thoát khỏi vị trí xuống hạng lần đầu tiên kể từ khi mùa giải bắt đầu. Trong trận đấu cuối cùng của mùa giải với mục tiêu phải thắng Toulouse để trụ hạng, Ochoa đã thi đấu trọn vẹn 90 phút trong chiến thắng 2-0. Ochoa kết thúc mùa giải đầu tiên tại châu Âu với thành tích 8 trận giữ sạch lưới và 43 pha cản phá, để lọt lưới 59 bàn, cao nhất tại Ligue 1 cùng với thủ môn của Caen Alexis Thébaux.[7]

Mùa bóng 2012-13

Ngày 1 tháng 7, chủ tịch của Ajaccio là ông Alain Orsoni tuyên bố Ochoa sẽ tiếp tục gắn bó với đội bóng Pháp bất chấp những lới đề nghị chuyển nhượng từ Galatasaray và Sevilla.[8]

Ngày 11 tháng 8, Ochoa thi đấu trong trận đầu tiên của mùa giải với Nice và cùng Ajaccio giành chiến thắng 1–0. Ngày 19 tháng 8, anh giữ sạch lưới trong trận hòa 0-0 với đối thủ mạnh Paris Saint-Germain. Đến trận đấu với Valenciennes, anh chỉ thi đấu 60 phút trước khi va chạm mạnh với đồng đội và không thể tiếp tục thi đấu. Chung cuộc Ajaccio để thua 0–3.[9] Ochoa kết thúc mùa giải này với 12 trận giữ sạch lưới.

Mùa bóng 2013–14

Trận đấu đầu tiên của Ochoa cho Ajaccio trong mùa giải 2013-14 kết thúc với kết quả thua Saint-Etienne 1-0. Ngày 18 tháng 8, Ochoa thi đấu đủ 90 phút trong trận đấu với Paris Saint-Germain tại Parc des Princes với kết quả hòa 1-1.[10] Trong trận này, anh đã xuất sắc cản phá 12 trên tổng số đến 39 cú sút từ các cầu thủ PSG.[11]

Ngày 18 tháng 1 năm 2014, Ochoa đạt đến cột mốc 100 trận đấu tại châu Âu trong trận thua Nice 2-0.[12] Ngày 20 tháng 4, sau trận thua 1-2 trước Bastia, Ajaccio chính thức xuống hạng sau ba năm thi đấu tại giải đấu cao nhất nước Pháp.[13] Ochoa có trận cuối cùng cho đội bóng Pháp vào ngày 17 tháng 5 trong trận thua 1-3 trước Saint-Étienne. Sau khi chính thức công bố việc Ochoa sẽ ra đi, câu lạc bộ đã gửi lời tạm biệt anh trên mạng truyền thông.[14][15]

Málaga

Ochoa ký hợp đồng có thời hạn ba năm với câu lạc bộ Málaga đang thi đấu tại giải La Liga vào ngày 1 tháng 8 năm 2014[16] để đảm nhận vị trí thủ môn chính thức mà thủ môn Willy Caballero chuyển đến Manchester City để lại.[17]